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舞台是有着巨大风车的都市——“风都”。风都的街上不断传出名为Dopant(掺杂体)的怪人作乱的怪异事件。所谓的“掺杂体”实际上是人类使用Gaia Memory（盖亚记忆体）变身的模样。园咲家族的每个人在风都各担任著不同的职务，但知道他们真面目的人少之又少。为了维护风都的和平，私家侦探左翔太郎和他持有超忆证（拥有全球资料信息的大脑）的同伴菲利普一同以地球内存变身为假面骑士W（Double），和接连出现的掺杂体战斗！
